Sau nhiều năm xây dựng, Bảo tàng được đầu tư sửa chữa, nâng cấp khang trang; ngày 10 tháng 12 năm 1995, Đảng ủy - Bộ Tư lệnh Quân khu tổ chức khánh thành Bảo tàng các lực lượng vũ trang nhân dân Đồng bằng sông Cửu Long.

Sau khi khởi công xây dựng từ năm 1990, nhiều lần đầu tư, nâng cấp, ngày 23 tháng 02 năm 1992, Bộ Văn hóa - Thông tin đã ra Quyết định số 391/QĐ-BT công nhận Bảo tàng Hồ Chí Minh chi nhánh Đồng bằng sông Cửu Long nằm trong hệ thống bảo tàng và di tích lưu niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh. Ngày 19 tháng 5 năm 1996, Bảo tàng Hồ Chí Minh được đầu tư xây mới, năm 1998 khánh thành đưa vào hoạt động.

Sau khi thẩm định quy mô, nội dung trưng bày, năm 1996 Bộ Văn hóa thông tin và thể thao yêu cầu Bộ Quốc phòng công nhận hai Bảo tàng của Quân khu 9 đạt tiêu chuẩn Bảo tàng hạng II. Thừa lệnh Bộ trưởng Bộ Quốc phòng, Thượng tướng Nguyễn Trọng Xuyên - Thứ trưởng đã ký Quyết định số 595/QĐ-QP công nhận hai Bảo tàng của Quân khu 9 đạt chuẩn Bảo tàng hạng II.

          Bảo tàng lực lượng vũ trang Quân khu 9 là loại hình Bảo tàng lịch sử Quân sự, nằm trong hệ thống các Bảo tàng của Lực lượng vũ trang nhân dân Việt Nam và Bảo tàng Hồ Chí Minh chi nhánh Đồng bằng sông Cửu Long là loại hình Bảo tàng Danh nhân nằm trong hệ thống Bảo tàng và Di tích lưu niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh có nhiệm vụ nghiên cứu, sưu tầm, kiểm kê, bảo quản, trưng bày, tuyên truyền giới thiệu về quá trình xây dựng, chiến đấu và trưởng thành của Lực lượng vũ trang Quân khu 9 qua các thời kỳ lịch sử. Bảo tàng Hồ Chí Minh chi nhánh Đồng bằng sông Cửu Long có nhiệm vụ nghiên cứu, sưu tầm, kiểm kê, bảo quản, trưng bày, tuyên truyền giới thiệu về cuộc đời, sự nghiệp cách mạng của Chủ tịch Hồ Chí Minh, tấm lòng, tình cảm của đồng bào Miền Nam đối với Bác.

          Hai Bảo tàng được xây dựng theo kiểu kiến trúc hiện đại nằm ở Trung tâm Thành phố Cần Thơ, trong khuôn viên rộng rãi, địa thế đẹp, vừa là địa điểm tuyên truyền giáo dục truyền thống lịch sử cho cán bộ, chiến sĩ LLVT Quân khu, vừa là điểm tham quan, vui chơi của các tour du lịch Miền Tây Nam bộ.

          Hai Bảo tàng nằm trong khuôn viên có diện tích hơn 13.000m2, Bảo tàng Hồ Chí Minh đang quản lý và trưng bày 15.008 tư liệu, hiện vật về cuộc đời, sự nghiệp cách mạng của Chủ tịch Hồ Chí Minh, tình cảm của Bác đối với đồng bào, cán bộ, chiến sĩ miền Nam và tình cảm của miền Nam đối với Bác; Bảo tàng Lực lượng vũ trang Quân khu 9 hiện đang quản lý và trưng bày 74.920 tư liệu, hiện vật liên quan đến cuộc kháng chiến chiến chống thực dân Pháp, đế quốc Mỹ, chiến tranh bảo vệ biên giới Tây Nam, giúp bạn Campuchia và thời kỳ đổi mới.  

Để thu hút khách tham quan, Bảo tàng tổ chức nhiều hình thức hoạt động như: triển lãm tại chỗ (cố định), lưu động, chuyên đề… trong hơn 40 năm qua (1979 - 2021), Bảo tàng đã tổ chức hàng trăm cuộc triển lãm và chỉnh lý, nâng cấp trưng bày, tổ chức nhiều đợt sưu tầm về các cơ quan, đơn vị, các địa phương, nhất là vùng sâu, vùng xa, căn cứ cách mạng, nghiên cứu sưu tầm được nhiều hình ảnh, tư liệu, hiện vật lịch sử có giá trị để trưng bày giới thiệu tuyên truyền giáo dục truyền thống cho các thế hệ cán bộ, chiến sĩ LLVT. Bảo tàng đã xây dựng được nhiều bộ hồ sơ, bộ sưu tập hiện vật như: Kỷ vật đi B, Vũ khí tự tạo, Kỷ vật kháng chiến, Vành đai diệt Mỹ - Bình Đức, Kỷ vật - hiện vật của các Tướng lĩnh thuộc LLVT Quân khu 9, Chân dung Chủ tịch Hồ Chí Minh qua các chất liệu....Đặc biệt, tại Bảo tàng Hồ Chí Minh có gian thờ và phòng tưởng niệm Chủ tịch Hồ Chí Minh, đã thu hút nhiều khách tham quan và các đoàn cán bộ, chiến sĩ đến dâng hương, báo công dâng Bác, các hoạt động ngoại khóa của Đoàn viên thanh niên, sinh viên, học sinh trên địa bàn Cần Thơ. Mỗi năm, Bảo tàng đón tiếp và phục vụ hàng trăm đoàn khách với gần 30.000 lượt người tham quan; khách tham quan các đợt triển lãm chuyên đề và triển lãm lưu động trên 100.000 người.

Ngoài ra trong khuôn viên Bảo tàng có nhiều loại cây cảnh, hoa kiểng, tạo nên không gian xanh mát quanh năm, thích hợp cho một số môn thể dục thể thao ngoài trời và vui chơi, giải trí./.